工程总承包是公司战略核心业务。南京工程公司通过南京设计院和二建公司的重组，优势互补，实现设计、采购与施工管理的强强联合。公司是目前国内为数不多的同时具有工程设计甲级和施工总承包壹级两项资质的工程企业，具有从科研开发、咨询、设计、采购、施工、开车服务贯穿整个项目生命周期的独特优势和雄厚的国内外项目综合管理能力，对项目在实施中加强沟通，节约成本，保证进度，提高质量有了充分的保障。公司尤其在煤化工、天然气化工、环境工程、清洁能源、硫酸磷肥催化剂等无机化工、公用工程、苯化工和精细化工等领域的工程总承包建设具有独特的优势。公司实施项目经理负责制为基础的矩阵管理，以进度、费用、安全、质量四大控制为核心，把设计、采购、施工、项目管理融为一体，在国际国内完成了大量工程总承包项目，实现了与国际项目管理方式的相融合。公司致力于用先进的技术和高效的管理方法消解工程建设中的各种风险，能为业主提供高水平完整产业链的工程技术服务。 

近年来，公司圆满地完成了国内外多个EPC总承包项目，包括：福建炼油乙烯一体化项目（获全中国石化集团公司优质工程奖）、中国石化武汉80万吨/年乙烯项目（获国家优质工程金质奖）、中国石化九江分公司油品质量升级改造工程（获国家优质工程奖）、延安煤油气资源综合利用项目（获化学工业优质工程奖）、中安联合煤化有限责任公司煤制170万吨年甲醇及转化烯烃项目等项目，为公司的EPC工程积累了丰富的管理经验，极大地提高了公司承揽和实施大型EPC总承包项目群的能力。