二建公司和南京设计院有着悠久的良好合作历史，两家企业在合作中优势互补，合作双赢，取得了较好的收益。
    2000年3月，二建公司承建了南京设计院设计的南化公司大化肥气化炉主体施工，同年10月又参与了南京设计院设计的大化肥项目改造工程，双方合作愉快，取得了良好的社会效益和企业效益，工程质量、进度、安全管理等方面得到了业主的一致认可。在此基础上，二建公司和南京院又联手进行了更高层次的合作，成功承揽了多个EPC项目的工程任务。
    2003年5月至2004年12月，二建公司、南京设计院首次在EPC项目上联合承揽了扬子巴斯夫公司乙烯装置的开工锅炉项目。该锅炉采用意大利技术，南京设计院负责EP和 CM，二建公司负责工程施工，取得了开车一次成功，经济和社会效益双丰收的效果。
    2004年6月至2005年7月，双方再度牵手，联合承揽了广州石化2×7万吨/年硫磺回收装置的EPC项目。该项目由南京设计院负责项目的E＋P，双方联合负责CM，二建公司负责安装施工。该EPC项目合同额约3.5亿元，双方同样取得了良好的经济效益。工程质量、进度及安全管理均受到了业主的充分肯定。
    随着双方合作的频繁和深入，为充分发挥各自的优势，上海拜耳MDI罐区EPC项目双方在承揽之初就以联手合作方式积极开展工作。经过双方的密切配合和良好的沟通合作，该项目也取得了较好的经济效益和社会效益。
    2006年12月至2008年4月，二建公司和南京院再次合作，承揽了福建100万吨/年乙烯项目的2×10万吨/年硫磺EPC项目。这次的管理模式是在双方前几次合作经验的基础上进一步扩充了合作范围，联合采购、联合施工管理，二建公司负责施工。此次合作取得了丰富的EPC经验，为重组工作奠定了基础。
   为了更好地承揽系统外和海外项目，利用各自特色、实现优势互补，共同开拓市场，近几年来，在炼化工程公司的指导下，二建公司和南京设计院多次合作参加了沙特项目的投标工作，特别在沙特5C包和PBT等多个项目投标报价中进行了密切的合作，积累了较为丰富的经验，建立了深厚的友谊。