近几年，南京院不断加大技术开发力度，注重知识产权保护，为进一步提升南京院技术创新能力，开拓设计市场，加快发展步伐奠定了坚实的基础。
    近两年，南京院十分注重院知识产权的保护，院领导多次邀请专利公司人员来院里为大家讲解专利知识，帮助大家认识专利，学习正确的专利申请的方法。技术部管理人员加强跟踪了解技术开发项目进展情况，及时与项目组人员沟通，一旦可以形成专利就抓紧申请。2007年，南京院制定了企业标准《专利、专有技术申请(申报)奖励规定》，一方面为加强管理保护院知识产权，另一方面也加大对专利申请者的奖励力度，激发了技术人员的积极性。2008年、2009年，南京院已申请专利9项，超过了过去几年申请量的总和。尤其是2009年，截止10月份,南京院已申请了《硫酸生产能量回收及利用工艺》、《窑法磷酸回转窑内部结圈机械清理机构》、《含硫化氢的废气制硫酸的方法》、《一种利用磷石膏分解制氧化钙和二氧硫的生产工艺》、《一种高速离心泵流量调节及泵自动切换系统》、《羰基化制醋酐的所需原料的制备方法及装置》等专利6项,其中1项已授权，大大超过了技术部年初制定的“全年申报专利、专有技术不少于3项”的计划。
    在优秀项目申报方面，南京院也取得了长足进步，截止今年10月底，南京院共申报各类优秀项目10项，其中“兖矿鲁南化肥厂10万吨/年醋酐项目可行性研究报告”申报了江苏省优秀咨询成果奖，并已获省优秀咨询成果二等奖；“江铜-瓮褔40万吨/年硫酸项目余热发电装置”等5个项目申报热能中心站2008年度全国热能工程节能减排优秀设计项目奖；“新建15kt/a防老剂4020装置”、“中国石化集团南化大化肥原料改造项目”、“12万吨/年氯化苯装置”、“10万吨/年硝基氯苯装置”四个项目申报中石化优秀工程设计项目。